Нашата фирма изнася извън ЕС, но транспорта се плаща и организира от Италианска фирма, която после ни го префактурира без ДДС.
Трябва ли да самоначислявам ДДС?

протокол по чл.117 задължително, осчетоводявате и в покупки и в продажби

В покупки и продажби нищо не се осчетоводява.
Там включвате протокола.
От мен - нека да е нулева ставката на ДДС-то в протокола :)))