в закона пише, че за срока на извънредното положение на работника му се дължи брутното възнаграждение, но в случая той ще бъде в неплатен отпуск- как тогава ще му се начисли брутно възнаграждение

Никак, но ще му се зачетат 30 работни дни от неплатения отпуск за трудов и осигурителен стаж.