Може ли някой да ми каже различните протоколи по ДДС с една номерация ли са,или
с отделни/напр. поотделно за ВОП и отделно за другите случаи/?

С една

А това значи ли, че както фактурите ни почват с номер 1, така и протоколите ще почват от номер 1, т.е. ще имаме два данъчни документа /фактура и протокол/ с един и същ номер? Или протоколите трябва да следват номерацията на фактурите?

Протоколите имат отделна номерация от номерацията на фактурите. Мисля си обаче, че за протоколите по чл. 116, ал 4 трябва да има трета отделна номерация - не е изрично казано в закона и в правилника, но някои текстове ме навеждат на тази мисъл

Защо смятате, че трябва да имат отделна номерация протоколите по чл. 116 ал. 4?
А мислите ли, че правилно съм разбрала:
Протокол по чл.116, ал.4 се издава при анулиране на фактури или известия.
Протокол по чл. 117, ал. 4 се издава при промяна в данните по вече издаден протокол.
Протокол по чл. 66, ал. 1 се издава при брак на стоки /и при липси и т.н./
Протокол по чл. 117, ал. 2 се издава при ВОП и при всички останали случай изброени в ал. 1 и в Правилника.

Помъчих се вчера да обединя всичко в една бланка, но ми се вижда доста трудно...

Направих си протоколи-2 вида
1-вия тези по чл.117
2-рия по чл.116
номерата надявам се да не е необходимо трайно да са отпечатани