При наличие на СУПТО, свързан към КА, отчитащ продажбите от търговска дейност(първа дейност),

възможно ли е издаване на фактури за услугите, плащани по банков път(втора дейност) от друга програма за фактуриране(кочан фактури)?

Или щом имаме вече СУПТО, свързан към КА, всички фактури, издавани, независимо за коя дейност и независимо от начина на плащане, трябва да се издават непременно от СУПТО, свързан към КА?

Според мен може. На семинара на НАП, има го в YouTube имаше подобни въпроси.
Само по себе си СУПТО е система за управление на приходите в търговския обект. Предполагам, че спомагателната дейност се извършва в друг обект или примерно без обект и още повече, че фактурите съставени на хартиена форма от кочан се плащат по банков път.

Току-що прочетох сходен казус. Отговорът е:

-щом е налице, супто, свързан с ка, всички фактури се издават от въпросното супто, независимо от начина на плащане.